En 1935, la Madre Caridad Brader inspiró a las Hermanas de su Congregación para que recogieran muestras de Ciencias Naturales con el fin de enriquecer la enseñanza de las estudiantes. A esta iniciativa se unieron Hermanas de distintos países como Colombia, Ecuador, Perú, Panamá, las Islas de San Andrés y Suiza. Ese mismo año ya se contaba con colecciones representativas y se inauguró el primer museo en el Liceo La Merced - Centro, bajo el nombre de Museo Pedagógico-Científico. Su primera directora fue la Hna. Alberta Rhoter, Superiora del Liceo.

En 1965 la Hna. Teonila Nieto, secretaria general, organizó los objetos recogidos en un pequeño museo privado llamado Anuario, destinado únicamente al uso interno de la Congregación.

En 1987, un hallazgo transformó el rumbo del Museo: en el bosque de Maridíaz, conocido como El Cerrillo, se descubrió un cementerio indígena. El Dr. Roberto García Castaño, de la Universidad Mariana, dirigió las excavaciones, y posteriormente, con el antropólogo italiano Dr. Georgio Manzini, se adelantó una investigación arqueológica más profunda. Esta etapa estuvo bajo la coordinación de la Hna. Ana Margarita Untersander, Vicerrectora de Bienestar Universitario.
En 1988 el Instituto Colombiano de Antropología e Historia (ICANH) y la Fundación de Investigaciones Arqueológicas Nacionales del Banco de la República, financiaron el trabajo de campo realizado por los arqueólogos Felipe Cárdenas y Gilberto Cadavid, piezas que se conservan en el museo.

A finales de los años noventa, la dirección quedó a cargo de la Hna. Ana Rosa Arcos, Hna. Deifilia Insuasty, Hna. Aura Elisa Romo hasta el año 2001.
Gracias a los auxilios del Gobierno Provincial de Suiza (Hna. Damacena y Consejo), se construyeron dos salones de exposición bajo el Noviciado, en el 2001 se reinauguró el museo con el nombre de Museo Madre Caridad Brader con mayor amplitud y proyección cultural.

En 2003, la visión de la Hna. Ana Margarita Untersander y su Consejo permitió la integración del Museo con el Centro Cultural de la Universidad Mariana. Así nació oficialmente el Museo Madre Caridad Brader - Centro Cultural Universidad Mariana, institución que no solo resguarda la memoria de la Madre Fundadora, sino que también promueve la cultura, la educación y el patrimonio de la región.

El 23 de marzo de 2003, Su Santidad Juan Pablo II beatificó en Roma a la Madre Caridad Brader. Como homenaje a su memoria se organizó una exposición especial en la que se expusieron los objetos personales, su espiritualidad y las obras que fundó en Colombia, Panamá, Ecuador, Suiza y Estados Unidos. A este evento acudieron visitantes de distintas regiones y países, quienes pudieron conocer de cerca el legado de la Madre Caridad.
Desde entonces, el Museo se ha consolidado como un espacio de memoria y cultura, abierto al público para transmitir la vida, obra y espiritualidad de la Madre Caridad Brader, en un diálogo permanente entre historia, ciencia y fe.